Theo Điều 2, Quyết định số 2418/QĐ-BYT ngày 10/4/2018 của Bộ trưởng Bộ Y tế, Vụ Bảo hiểm y tế có các nhiệm vụ, quyền hạn chính:

• Chủ trì xây dựng, sửa đổi, bổ sung các văn bản quy phạm pháp luật, cơ chế, chính sách về lĩnh vực bảo hiểm y tế, trình cấp có thẩm quyền ban hành và tổ chức triển khai thực hiện theo nhiệm vụ được phân công.
• Chủ trì xây dựng, sửa đổi, bổ sung danh mục và tỷ lệ, điều kiện thanh toán đối với thuốc, hóa chất, vật tư y tế, dịch vụ kỹ thuật y tế và các dịch vụ y tế khác thuộc phạm vi được hưởng của người tham gia bảo hiểm y tế trình Bộ trưởng Bộ Y tế ban hành.
• Chủ trì xây dựng bộ mã danh mục dùng chung trong quản lý khám bệnh, chữa bệnh bảo hiểm y tế; chuẩn và định dạng dữ liệu đầu ra phục vụ quản lý khám bệnh, chữa bệnh, giám định, thanh toán chi phí khám bệnh, chữa bệnh bảo hiểm y tế; quy định về trích chuyển dữ liệu điện tử trong quản lý và thanh toán chi phí khám bệnh, chữa bệnh bảo hiểm y tế trình cấp có thẩm quyền ban hành và hướng dẫn, tổ chức triển khai, kiểm tra, giám sát việc thực hiện.
• Chủ trì, xây dựng trình cấp có thẩm quyền ban hành các giải pháp bảo đảm cân đối quỹ bảo hiểm y tế.
• Làm nhiệm vụ thường trực của Hội đồng Tư vấn quốc gia về chính sách bảo hiểm y tế do Bộ trưởng Bộ Y tế thành lập.
• Tham gia, phối hợp với các đơn vị có liên quan xây dựng, sửa đổi, bổ sung các quy trình, quy định,... thuộc phạm vi quản lý của Vụ.
• Thực hiện các nhiệm vụ khác do Bộ trưởng Bộ Y tế giao.